Der 19-jährige Minato hat zum wiederholten Male die Aufnahmeprüfung der Uni versiebt. Und dann wird er auch noch Zeuge eines merkwürdigen Kampfes zwischen drei Unbekannten. Er rettet die schöne Musubi vor den beiden anderen und gewährt ihr Unterschlupf in seiner Wohnung. Noch weiß er nicht, dass er eine Sekirei gerettet hat, ein außerirdisches Wesen, das zwar menschlich aussieht, aber seltsame Kräfte hat. Er weiß auch noch nicht, dass er durch seine Tat zu ihrem Ashikabi Meister geworden ist. Und er weiß auch noch nicht, dass Sekirei ihre Kräfte nur erhöhen können, indem sie sich mit ihrem Meister … vereinigen. Er wird es erfahren. Und reichlich Slapstick und verfängliche Situationen sind die Folge!

Bei Sekirei gibt es für jeden Geschmack etwas: übergroße Rundungen, Moe oder Bishonen – niemand wird vergessen, wobei Sekirei sich auch den Luxus gönnt, die Klischees des Genres ironischerweise auf dem Kopf zu stellen.