Der Büroangestellte Rokur Okajima soll für eine Firma ein wichtiges Dokument (Diskette) mit dem Shiff nach Borneo bringen.
Dabei wird er, während des Auftrages von der “Lagoon Company” überfallen und als Geisel genommen. Nachdem seine Firma ihn für tot erklärt, schließt Rokuro sich der Gruppe an und erhält den Spitznamen “Rock”.

Die Gruppe besteht aus der tempramentvollen und schießwütigen Revy, dem Afro-Amerikaner “Dutch” und den Benny.
Die Lagoon Company schmuggelt mit ihren “Black Lagoon”, ihrem Schnellbot, in Süd-ost-Asien. Sie nimmt auch Aufträge von der Mafia und anderen Verbrechersyndikaten an. Sie pflegen eine gute Beziehung zum russischen Syndikat Notel Moscow.